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なにかの区切り

いやー、すごい更新サボってしまいました。
申し訳ないです。


今月初めにあった学会ラッシュの後、地味にいろいろあったので更新する時間がなかった、ということにしておいてください。(タダメンドクサイダケジャナイノ? ゴニョゴニョ…)


第5回国際ペプチド学会は2009年ノーベル化学賞のAda E. Yonathの講演など刺激的なものが多くてよかったのですが、朝から晩までずーっと学会なので如何せん京都感0の日々。昼飯が王将→ガスト→王将→ガスト→王将のローテーションってどういうことなの?思わず「無限ループって怖くね?」と叫びたくなる京都感0の日々。晩飯もイオンで総菜買って済ましたこともあったりwww
神戸での日本分子生物学会年会の方も結構強行スケジュールで行ったので神戸の『空気感』を感じることはできなかったのですが、自分の研究に関係することであってもなくてもお構いなしにいろいろ話聴けたり議論できたりして有意義な時間を過ごせました。

ただひとつだけ思ったのは「学会とか関係なく旅行してぇ。」


東京に戻ってきてからは「とある蛋白の存在証明(オマエナニヤツ?)」をずっとやってました。
ここからは少し専門的な話になるので、苦手な人は回れ右しないで最後まで見てってください。視野を広げることは大事なことです。

私はオートファジーという自己免疫機構に関与するタンパク質に対して特異的にくっつくペプチドの発見と調査を研究の対象としています。
このオートファジーは酵母以上の高等生物、もちろん人間にも備わっていてこれが上手く働いてくれなくなるとガンが起きたり腫瘍ができたりすると言われています。
このオートファジーに関与しているタンパク質はもううじゃうじゃいるのですがその中の一つBeclin-1というタンパクをターゲットの一つにしています。
これに特異的な結合を見せるペプチドを見つけてくるっていうのが今の私の仕事、というわけです。

そこでまずこのターゲットタンパク質を作ることからスタートしたのが5月。
が、プラスミド(小さな環状DNA)に載っているBeclin-1が遺伝子配列としてコードされている部分を別のプラスミドに移さなきゃならない作業で上手く行かず、ようやく移ってくれた~!と喜んでたら、その遺伝子配列がコードされている部分に変異が入ってたことが判明。見事にぬか喜びに変わりまた一からスタートだ、と院試終了後セコセコ苦労して再び遺伝子コードを移し替えし、タンパク質発現、精製してみたら本来55kDaくらいの大きさなのになぜか75kDaのタンパク質が大量に精製されてきた。(Daとはタンパク質の大きさを表す単位で1Da=1gと考えてもらってOKです。)
一体こいつは何者だ?ということで、11月半ばからずっと調べていました。
実はこのタンパク質割と溶けにくく、今回は界面活性剤を入れて溶けやすくしてから精製してきていたのでBeclin-1に界面活性剤がペタペタくっついてきたために大きく見えてるのかな?と淡い期待をしつつHis-tag染色したり、抗体で調べたり、トリプシン処理でタンパクをブチブチ切ってその断片を調べてものを同定するPeptide Mass Fingerprinting(PMF)という方法をしたりしてました。
その結果、昨日、その75kDaの大きさのタンパク質が私の目的のタンパク質であることが正式に…




否定されましたwww

どうやらDnaKという名前のシャペロンタンパク質のようです。シャペロンタンパク質とは他のタンパク質の正しい構造(フォールディング)を助ける役割を持つもので、溶けにくいタンパク質に特に多くくっつく性質があるようです。
Beclin-1があまりに溶けにくいのでめっちゃいっぱいくっついてきてしまい、気付いたらシャペロンだらけに…ってことなんでしょうね。
いや、まあ年末というこの時期にふりだしに戻るというある意味一番キレイな一区切りがついたのでよかったとは思います。
頭の中は今後どうしようかとグルグルしてますけどね。
こんな感じ、な手作りクッキー(こんな感じにぐーるぐる)
いい感じにカオスな状態で正月に突入しそうです。卒論書けるのか、これ?


今後どうすっぺかなぁ、と考えつつ
それではノシ

2014.8.19追記
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京都、学会、本能寺。

『本能寺で待ってる』 by ZAZEN BOYS


と言うわけで、只今京都。京都市役所前駅近く、鴨川の畔からお送り致しております。

昨日から始まった第5回国際ペプチド学会in京都も今日(時間的には昨日)で2日目終了です。
発表も質問も当然のように英語なので若干ついていくのに一苦労ですが、興味深い(というより知的好奇心をくすぐられるような)ことを話してくださる方もいて、個人的になかなかどうして有意義な時間を過ごしています。

Kurt Wuthrich教授のプリオンタンパクにおける構造変化の話やHitoshi Ishida教授(漢字が分からないのでローマ字で)の"ペプチド折り紙"の話が個人的にスマッシュヒットでした。

まだまだこの学会は続くのでどんな面白い話が聴けるのか、今からワクワクで夜も眠れません。




嘘です。ごめんなさい。寝させてください。でも、朝が来るのが待ち遠しいなぁー。


ところで、京都に来たからにはやっておきたいのが寺社巡り。
今朝(時間的には昨日)学会が始まる前に本能寺をチラ見だけしました。門から覗く程度のチラ見。何か寂しいけど時間無かったんだ。シカタネィナ。

本能寺と言えば織田信長が明智光秀に討たれたところとして有名ですが、私にとってはZAZEN BOYS 4枚目のアルバム『ZAZEN BOYS 4』に入ってる"honnoji"。これに尽きます。
3+2拍子のメインフレーズからのファンク系3拍子のCメロに行く辺り、いつ聴いても痺れます。背筋がゾクゾクです。やっぱりいつ聴いても思う。向井秀徳は天才だ。

と、ここまで書いて気付いた。もう1時過ぎてることに。
さすがに眠くなってきたので、honnoji聴いて背筋ゾクゾクさせながら寝ることにします。

夢枕に信長が出てきませんように。


それでは~ノシ

2014.8.19追記
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光明が見えた

おばんです。


漸く今日(時間的には昨日)研究の先が見えました。

研究対象となるタンパク質を作るためベクターと呼ばれるプラスミドに目的のタンパク質をコードしている遺伝子(インサート)を入れる作業でずーっと手こずってて、今日漸く、ホントに漸く入ってくれました。
今までpET-16と呼ばれるプラスミドで試していたのですが上手くいかず(原因は指導してくださっているポスドクの人をもってしても不明)、今回pQE-80という別のプラスミドで試してみたところ1個だけ入っているのがありました。コロニー数34個中1個のみ、意図的にインサートを入れてないNegativeControl(NC)は9個しかコロニー無かったのに。(理論上、インサート入り34個のコロニー中9個は外れと考えられるので25個は当たりのはず、なのに。。。)
なんていうGIRIGIRI。
明日(時間的には今日)、遺伝子の配列をチェックしてみます。これで変異が入っていたら、もうお手上げです。いや、マジで。
ホント、それだけは勘弁です。

そういえば言ってなかったですが、院試受かりました。
単位も足りているので、来年から無事大学院生です。
これからもどうぞよろしくお願いします。


それではノシ

2014.8.19追記
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研究再開とライブへGO!

今日から研究再開しました。


詳しい内容は後日に譲るとして、先日の日記通りやっぱり大腸菌とラブラブチュッチュする生活に戻りました。
今は産総研の方から頂いたプラスミドを増やすために形質転換(大腸菌にプラスミドを取り込ませ大腸菌ごと増やす方法。通称:トラフォメ)をすることと、シークエンスを読むために必要なプライマー(プラスミドの一部にくっつく短い断片みたいなやつ)をデザインしているところです。
トラフォメは夜仕込んできたのですが、プライマーのデザインにやや手こずっています。リバースのプライマーが普通に作ると異常にTA rich(遺伝子の4つの因子、A,G,C,TのうちAとTがGやCに比べて非常に多いこと。アニール温度とかいろいろ不利だったりする)でそれを回避しようとすると結構深刻なセルフダイマー(プライマーが自分自身でくっついてしまい本来の役目を果たさない状態)ができてしまってよろしくない。なかなか妥協点を見出すのが難しいです。明日もプライマーのデザインは悩みの種になりそうです。


今日の実験終了後は友人のライブを見に行きました。橋本卓也氏のライブです。場所は昔からお世話になっているEncore渋谷というライブハウスでした。
約半年ぶりに行ったので店長さん(超美人、そして超美声。うらやま。)の髪型クルックルにカーリーっててびっくりしましたが、落ち着いた雰囲気は変わらないなと感傷に浸ったり。

さてさて、橋本氏の出番。身内が結構多かった(ってか客全員?)のかリラックスした滑らかな演奏でした。
橋本氏の指板を広く使ったギタープレイは実にダイナミックで私は好きです。
個人的に、アコギ弾き語りのギタープレイはコードだけでなくリフ、ハーモニクス、ソロフレーズ、ボディヒッティングが入っている方が好きです。もちろんコード弾きのみの曲があるのはいいが、全曲ずーっとジャカジャカコード弾きされると冷めてしまう、テンションが下がる。バンドでのバッキングではそんなことあんま無いんですけどね。やっぱり声を除けば唯一の楽器なんだから、もうちょっとアコギを活かせよと思っちゃうんです。アコギってお前が考えているよりももっといろんな表現方法があるぞと思ってしまう。
そういう点では橋本氏のギタープレイにはいつも触発されます。
自分も負けてられんなと、改めて思いました。
とりあえず新曲頑張ります。


今日の一枚。
夕方。夕焼け。浅葱色。
日が暮れ切る直前の浅葱色とオレンジ色の混じり合う夕焼けが私は一番好きです。(携帯写真ですみません)
CA390099


それじゃぁ~ノシ


2014.8.19追記
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Author:Yamayaman
都内の某大学で大学院生という身分に身をやつしながらも、趣味に生きたい人の雑記帳なのです。
好きなことをつらつらと書き連ねるだけなのです。
ゆるりと読んでいただければ幸いなのです。

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